Ameriško podjetje za programsko opremo 10gen je začelo razvijati MongoDB leta 2007 kot del načrtovanega produkta platforma kot storitev. Leta 2009 se je podjetje preusmerilo na odprtokodni model razvoja in začelo ponujati komercialno podporo in druge storitve. Leta 2013 je 10gen spremenilo ime v MongoDB Inc.

Dne 20. oktobra 2017 je MongoDB postalo podjetje, ki se trguje javno, in je bilo uvrščeno na NASDAQ pod oznako MDB z IPO ceno 24 dolarjev na delnico.

Dne 8. novembra 2018 je pri stabilni izdaji 4.0.4 licenca programske opreme prešla iz AGPL 3.0 na SSPL.

Dne 30. oktobra 2019 je MongoDB sklenil partnerstvo z Alibaba Cloudom in ponudil rešitev MongoDB kot storitev za stranke Alibaba Clouda. Stranke lahko uporabljajo upravljano rešitev iz Alibaba-ovih globalnih podatkovnih centrov.